محسن هاشمی رفسنجانی در یادداشتی در روزنامه اعتماد در بیان آسیب های پرونده هسته ای در دوره احمدی‌نژاد نوشت: تعدادی از مقامات و مسوولان در دیدار با آیت‌الله هاشمی‌رفسنجانی ضمن ارایه اطلاعات و گزارش از مذاکرات و تحولات، نگرانی خود را نسبت به عواقب این پرونده برای نظام بیان می‌کردند.
اما این افراد در دیدارهای فردی و جمعی خود با رهبری، متفاوت سخن گفته و با ارایه شعارها و وعده‌ها، مشکلات و نگرانی‌ها را پنهان می‌کردند و حتی از آیت‌الله هاشمی‌رفسنجانی می‌خواستند که از انتقال نظرات آنها به رهبری خودداری کند، چراکه خود به گونه‌ای دیگر به ایشان گزارش داده‌اند.
طبیعی است که رهبر انقلاب، نظیر هر مقام انسانی دیگر، براساس اطلاعات ارایه شده به ایشان تصمیم می‌گیرد و کاش مقامات مربوط با پذیرش پیامدها، شجاعت و صراحت بیشتری برای انتقال مطالب به مسوولان نظام داشتند.
محسن هاشمی در ادامه یادداشت خود به اغراق مسوولان مربوطه در قدرت هسته‌ای کشور در سال ۸۴ و ۸۵ اشاره کرد و نوشت: این اغراق پیامدهای منفی را برای نظام به همراه داشت، معمولا در سایر کشورهای جهان، دولت‌ها در ارایه توانایی‌های هسته‌ای خود به پنهان‌کاری و کم‌اظهاری دست می‌زنند، اما در ایران و از سال ۱۳۸۱ و علنی شدن فعالیت‌های هسته‌ای کشور، شاهد پدیده عکس آن بودیم و معمولا گزارش‌های رسمی و تبلیغاتی، فراتر از توانایی بالفعل همان زمان کشور بوده است.
در دولت سازندگی و با حضور دکتر امرالهی که دارای تخصص در حوزه هسته‌ای بود در راس سازمان انرژی اتمی و آیت‌الله هاشمی‌رفسنجانی که به مسائل در سطح کارشناسی ورود می‌کرد و با پرسش‌های مکرر و تطبیق اظهارات به دنبال راستی‌آزمایی گزارش‌ها بود، این مشکل کمتر وجود داشت اما پس از آن یکی از آسیب‌های تصمیم‌گیری در پرونده هسته‌ای ارایه گزارش‌های اغراق‌آمیز بود.