با این حال نگرانی جدی این است که با وجود این که محمد جواد ظریف وزیر خارجه کشورمان پیشتر تاکید کرده بود که «طبق هر توافقی، تاسیسات نظامی خارج از محدوده بازرسی ها هستند» اما در آینده و با اجرای توافق احتمالی هسته ای، «تفسیر»های آمانو و امثال او، ملاک بازرسی از تاسیسات ایران شود و دامنه این «تفسیر»ها آن قدر موسع شود که مراکز نظامی ایران را در بر گیرد. اصولا همین نگرانی، یعنی نگرانی از درز اطلاعات امنیتی، نظامی و تکنولوژیکی و به خطر افتادن امنیت ملی کشورها، موضوعی است که پروتکل الحاقی را مهم کرده است. چرا که براساس برخی تفسیرها «روح اصلی پروتکل بازرسی های گسترده و تقریبا نا محدود است و کشوری که پروتکل را اجرا می کند باید درِ تاسیسات اتمی و "غیر اتمی" خود را به روی بازرسان باز کند.» (بی بی سی- 10 فروردین 1394) آن قدر مهم که حتی آمریکا وقتی درسال 1998 پروتکل را امضا کرد، 6 سال طول کشید که سنا و مجلس نمایندگان به اجرای آن رضایت دهند و اجرای آن در سال 2009 آغاز شد و تازه در موافقت نامه ای که میان آمریکا و آژانس امضا شده به صراحت آمده که «آژانس حق اعمال شرایط پادمان مطابق با این شرایط را دارد ... به استثنای فقط آن دسته از امکانات مرتبط با فعالیت های با اهمیت که به طور مستقیم به امنیت ملی آمریکا ارتباط دارد...».

این نگرانی ها آن قدر مهم است که دکتر روحانی، در سال 1382 زمانی که دبیر شورای عالی امنیت ملی بود در نشست خبری مرتبط با پروتکل اعلام کرد: «جمهوری اسلامی پروتکل الحاقی را امضا خواهد کرد البته با ملاحظاتی که قبلا به آن اشاره کردیم. ملاحظات این است که پروتکل نباید امنیت ملی، منافع ملی و حیثیت ملی ایران را خدشه دار کند.» به این ترتیب واضح است که این نگرانی ها جدی است و اگر قرار باشد آن طور که اخیرا یکی از اعضای تیم هسته ای ایران اعلام کرد کشورمان «درچارچوب "تفسیرهایی" که ازپروتکل الحاقی می شود اقدام به اعتمادسازی کند» سوال این است که آیا ممکن نیست این تفسیرها، که قطعا غرب مطرح کننده آن خواهد بود، آن قدر موسع باشد که مراکز نظامی و دفاعی ایران را نیز شامل شود؟ دراین باره توجه به 3 نکته مهم و تعیین کننده لازم به نظر می رسد:

1- پذیرش اجرای پروتکل باید تفسیرناپذیر باشد: واضح است که ایران با پذیرش بازرسی های مرسوم و قانونی براساس پروتکل های آژانس از تاسیسات هسته ای خود هیچ مشکلی ندارد. بنابراین در تنظیم سند توافق برای اجرای این پروتکل باید، مراقب ابعاد امنیتی آن بود و راه را بر تفسیرهای شخصی بست. برای این منظور نیز باید شرایط جدی و صریحی را در توافق اجرای پروتکل لحاظ کرد به نحوی که هنگام بروز هر اختلافی، براساس مفاد کاملا صریح بتوان جلو تفسیرهای زیاده خواهانه که نقض کننده استقلال کشور و به گفته دکتر روحانی خلاف منافع ملی باشد را گرفت.

2- ایران با سایر کشورها متفاوت است: براساس آپدیت 2 هفته پیش لیست کشورهایی که پروتکل را پذیرفته اند، 147 کشور در این لیست دیده می شود که بیش از 100 کشور آن را اجرا می کنند. بنابراین همان طور که آمانو اخیرا اشاره کرده ایران نیز وقتی آن را اجرا کند مانند همین کشورها با آن برخورد خواهد شد. نکته مهم اما این جاست که کدام یک از کشورهای این لیست مثلا نروژ، نیکاراگوئه، ایرلند، کنیا و ... شرایط ما را دارند که یک کشور مانند آمریکا مدام از گزینه های روی میز علیه شان سخن بگوید و تهدید نظامی شوند؟ کدام یک از کشورهای جهان، به پشتوانه اقتدار دفاعی که دارند، استقلال سیاسی خود را حفظ کرده و مقابل توفان های سهمگین ناامنی منطقه ما قرار دارند؟ تکلیف کشورهایی مثل آمریکا،فرانسه ، انگلیس و ... نیز که معلوم است. آیا در شرایطی که شبح تهدید حتی در دوران مذاکرات ایران را رها نمی کند، شرایط این را داریم که با تفسیر آمانو مجبور شویم یک بازرس آژانس را به مراکز نظامی مان راه دهیم؟ضمن این که برخی از همین 100 کشوری که پروتکل را اجرا می کنند شرایطی را برای اجرای این پیمان قرار داده اند و حتی برخی بازرسی های فیزیکی را نیز نپذیرفته اند.

3- اعتمادناپذیر بودن آژانس: «جی سالمون» نویسنده روزنامه «وال استریت ژورنال» 4 سال پیش در می 2011 در گزارشی درباره فشار آژانس به سوریه نوشت: «تلاش های دولت اوباما و متحدانش برای تحت فشار گذاشتن اسد از طریق شورای امنیت تاکنون با موانعی مواجه شده است ... بنابراین آژانس کانال جداگانه ای است که از طریق آن می توان دمشق را تحت فشار قرار داد.» این رویکرد غرب در مقابل کشورهایی است که مقابل خواسته های او می ایستند. یعنی حتی از یک نهاد فنی که ماموریتش چیز دیگری است در راستای منافع سیاسی بهره می برد. حتی مباحث مربوط به سیاسی کاری (politicization) آژانس در دوران مدیریت آمانو تا آن جا بالا گرفت که روزنامه گاردین در مارس 2012 گزارشی با عنوان «رئیس دیده بان هسته ای متهم به طرفداری از غرب در موضوع ایران» کار کرد. این روزنامه انگلیسی در این گزارش به نقل از مقامات سابق آژانس و برخی دیپلمات های بازنشسته نوشته بود که «آژانس از مسیر خود دور شده است.» با این پیش زمینه های ذهنی و تجربی در باره کارکردهای بعضا نامتعارف آژانس قطعا باید در هرگونه توافقی راه های تفسیر پذیری جملات، عبارت ها و رویه ها را بست تا به این ترتیب بتوان به «توافقی خوب» دست یافت.