نمایندگان مجلس به منظور تامین نظر شورای نگهبان، مواد 4، 7 و 9 این طرح را با اصلاحات عبارتی به تصویب رساندند و مقرر کردند که آیین‌نامه اجرایی مربوط به مصادیق جنبه‌های امنیتی ظرف مدت 6 ماه از تاریخ تصویب این قانون توسط وزارتخانه‌های اطلاعات، کشور، دفاع و پشتیبانی نیروهای مسلح، دادگستری و سازمان ثبت اسناد و املاک کشور تهیه و به تصویب هیئت وزیران برسد.
همچنین وکلای ملت در اصلاح دیگری در ماده 10 این طرح، سازمان نقشه‌برداری کشور و سازمان جغرافیایی نیروهای مسلح را مکلف کردند، حسب مورد با رعایت مصالح امنیتی و نظامی در حدی که به آمادگی رزمی نیروهای مسلح آسیب وارد نیاید بنا به درخواست سازمان، نقشه‌های مورد نیاز را تهیه و تحویل نماید.

بهارستان‌ نشینان با اصلاح ماده 15 این طرح، سازمان ثبت اسناد و املاک کشور را مکلف کردند در صورت تقاضا نقشه‌های حدنگار را در قبال وصول هزینه مطابق تعرفه قانونی به مالک یا قائم مقام وی یا دستگاه‌های اجرایی ذیربط ارائه کند.

نمایندگان مجلس همچنین ماده 17 طرح مذکور را اصلاح کردند که بر این اساس عبارت زیر به انتهای این ماده اضافه شد:

دولت مکلف است نسبت به اجرای تکالیف مقرر در مواد 3، 5، 6، 7، 10، 11 و 16 این قانون با توجه به بند "و" ماده 46 قانون برنامه 5 ساله پنجم توسعه اقدام نماید. ضمنا بار مالی اضافه اجرای این قانون از محل درآمدهای مواد 5 و 15 این قانون تامین می‌شود.